物流外包有諸多優勢，但許多企業還是選擇自營物流，這是因為物流外包也存在一些問題，主要表現在以下幾個方面：
企業可能失去控制權
許多企業寧愿有一個“小而全” 的物流部門，也不情愿將物流外包出去，特別對于中小企業來說，害怕失去對物流功能的控制。例如，供應鏈流程的一些部分需要與客戶直接打交道，許多企業擔心如果失去內部物流能力，會在客戶關系維護等方面過度依賴專業物流企業這種擔心在從未外包物流的企業中更為普遍。
2.潛在道德風險
物流活動無限延伸就會涉及企業的商業秘密，如果選擇物流外包，企業可能擔心和顧慮合作伙伴的道德風險問題。例如，通過掌握客戶的物流運營數據，可以了解企業的生產經營、新產品開發、市場等情況。一方面，企業擔心這些商業秘密可能會被透露給競爭對手;另一方面，企業擔心合作伙伴不努力，監控成本很高等。
3.物流服務提供商可能跟不上
有些企業一開始選擇將部分物流外包，后來發現物流服務提供商已經跟不上企業自身經營和發展的要求，故而選擇自營物流。海爾物流創建之初，張瑞敏也曾有意將物流外包，但發現國內沒有物流企業能夠滿足海爾物流的需求。以國際采購為例，由于外貿和外匯制度，中間環節必然產生關稅，而國內的供應商能夠獨立完成國際采購的商流和物流并且可以在網上交易的企業鳳毛麟角。
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